นายแพทย์สุวิทย์ วิบุลผลประเสริฐ ได้เขียนไว้ใน “จากสหพันธ์แพทย์ชนบท ถึงชมรมแพทย์ชนบทและมูลนิธิแพทย์ชนบท” เมื่อปี พ.ศ. 2530
มีข้อความตอนหนึ่งเล่าถึงต้นกำเนิดของมูลนิธิแพทย์ชนบทว่า

“…หลังจากตั้งชมรมแพทย์ชนบท มาได้ประมาณ 2 ปี พี่ๆ ทั้งหลายที่ร่วมกันก่อตั้ง ก็มีความคิดกันขึ้นมาว่า น่าจะมีองค์กรที่ตั้งขึ้นตามกฎหมาย
เพื่อรองรับงานต่างๆ ที่ชมรมกำลังทำอยู่ ประกอบกับมีการสนับสนุนทางความคิดและกำลังใจจากผู้ใหญ่หลายๆท่าน
อาทิเช่น อจ.นพ.เสม พริ้งพวงแก้ว, อจ.นพ.ไพโรจน์ นิงสานนท์, อจ.นพ.ประเวศ วะสี และพี่ปรีชา ดีสวัสดิ์ จึงได้เกิดการเคลื่อนไหวที่จะตั้ง “มูลนิธิแพทย์ชนบท” ขึ้น

ในการประชุมสมาชิกชมรมแพทย์ชนบทภาคอีสาน ที่เขื่อนลำพระเพลิง อ.ปักธงชัย จ.นครราชสีมา เมื่อปลายปี พ.ศ.2523 ก็มีการประชุมจัดตั้งมูลนิธิขึ้นด้วย
ที่ประชุมมีมติเห็นชอบกับการจัดตั้งมูลนิธิแพทย์ชนบทและพี่มานิตย์ ประพันธ์ศิลป์ ประธานชมรมแพทย์ชนบทในขณะนั้น
ก็รับที่จะเป็นผู้ประสานงานในการก่อตั้งมูลนิธิแพทย์ชนบทขึ้น ปัญหาสำคัญก็คือ

การจัดหาทุนจดทะเบียนในระยะเริ่มแรกจำนวนอย่างน้อย 1 แสนบาทความดังกล่าว ทราบถึงท่าน อจ.พญ.จินดาภา สายัณหวิกสิต อดีตอาจารย์แพทย์ที่ศิริราช
ซึ่งมีความรัก ความเข้าใจในแพทย์ชนบทอย่างมาก ท่านได้แสดงความจำนงที่จะบริจาคเงินจำนวน 1 แสนบาทเพื่อก่อตั้งมูลนิธิ
การประสานการจัดตั้งมูลนิธิจึงได้ดำเนินการต่อไป จนกระทั่งสามารถจดทะเบียนตั้งมูลนิธิแพทย์ชนบทได้สำเร็จ เมื่อวันที่ 15 มีนาคม พ.ศ. 2525
โดยมี อจ.นพ.เสม พริ้งพวงแก้ว เป็นประธานมูลนิธิและพี่มานิตย์ ประพันธ์ศิลป์ เป็นเลขานุการ

หลังจากนั้นไม่ถึง 2 ปี พี่มานิตย์ ประพันธ์ศิลป์ ตัวจักรสำคัญในการก่อตั้ง “สหพันธ์แพทย์ชนบท” “ชมรมแพทย์ชนบท” และ “มูลนิธิแพทย์ชนบท”
ก็โอนไปรับราชการที่มหาวิทยาลัยเชียงใหม่

การดำเนินงานของมูลนิธิแพทย์ชนบทในระยะแรกๆ ซึ่งเป็นระยะการก่อร่างสร้างตัว ยังมีกิจกรรมไม่มากนักเนื่องจากขาดทั้งเงินทุนและกำลังคน
ในระยะแรกจึงเป็นไปในรูปการจัดหาทุนและสนับสนุนการจัดพิมพ์วารสารและจุลสารของชมรมแพทย์ชนบท
รวมทั้งจัดตั้ง “กองทุน นพ.กนกศักดิ์ พูลเกษร” เพื่อมอบรางวัลให้แก่แพทย์ที่ปฏิบัติงานในท้องถิ่นทุรกันดารและเสี่ยงภัย
งานในระยะต่อมา ได้ขยายกิจกรรมให้กว้างขึ้น โดยร่วมกับชมรมแพทย์ชนบท จัดทำทำเนียบแพทย์โรงพยาบาลชุมชน
จัดหาทุนสนับสนุนโรงพยาบาลชุมชนในเขตทุรกันดารและเสี่ยงภัย จัดหาทุนเพิ่มเติมโดยการจัดพิมพ์บัตร ส.ค.ส.
การติดต่อกับสมาคมแพทย์ไทยในสหรัฐอเมริกา และจัดทำโครงการพัฒนาอนามัยแม่และเด็ก ร่วมกับชมรมแพทย์ชนบทและแพทยสมาคมแห่งประเทศไทย
โดยการสนับสนุนของแพทยสมาคมแห่งสหรัฐอเมริกา นอกจากนี้ยังได้ดำเนินการช่วยเหลือแพทย์ชนบทด้วย…”

จากหลักฐานสำคัญคือ รายงานการประชุมคณะกรรมการมูลนิธิแพทย์ชนบท ครั้งที่ 1/2525 เมื่อวันที่ 22 กรกฎาคม 2525
ทำให้ทราบจุดกำเนิดของมูลนิธิแพทย์ชนบทที่ชัดเจนยิ่งขึ้น ดังนี้

“…ประธานได้แจ้งความเป็นมาของการก่อตั้งมูลนิธิว่า กรรมการก่อตั้งได้ประชาสัมพันธ์เรื่องมูลนิธิทางโทรทัศน์ช่อง 9 เมื่อต้นปี 2524
หลังจากนั้น ก็ได้รับบริจาคเงินเพียงพอที่จะจดทะเบียนเป็นมูลนิธิ จึงได้ขออนุญาตจัดตั้งมูลนิธิจากสำนักงานคณะกรรมการวัฒนธรรมแห่งชาติ
ได้รับใบอนุญาตเลขที่ ต. 228/2524 ออกให้ ณ วันที่ 2 กันยายน 2524
จากนั้นจึงได้จดทะเบียนจากระทรวงมหาดไทยเพื่อให้มีฐานะเป็นนิติบุคคล ซึ่งได้รับเลขทะเบียนจากกรุงเทพมหานคร ทะเบียนลำดับที่ 1719
เมื่อวันที่ 15 มีนาคม 2525? มีคณะกรรมการเริ่มแรก 12 คน …”

จึงถือได้ว่า วันเกิดที่แท้จริงของมูลนิธิแพทย์ชนบทคือ วันที่ 2 กันยายน 2524 ส่วนวันที่ 15 มีนาคม 2525 เป็นวันที่มูลนิธิแพทย์ชนบท
ได้รับอนุญาตให้ตั้งเป็น “นิติบุคคล” ตามกฎหมาย